Рокуро Окадзима — типичный японский служащий, работающий на крупную корпорацию и живущий в городе, население которого едва ли не полностью состоит из похожих людей. Как и у многих, его обычный день компонуют многочисленные «пинки» начальства и «деловые встречи», обязывающие Рокуро не столько работать, сколько выпивать вместе с клиентами. Одним днём привычный образ жизни «рабочей лошадки» нарушает неожиданная командировка. В качестве посыльного, которому вверили диск с чрезвычайно важной информацией, начальство отправляет Рокуро в тёплые воды Южно-Китайского моря. Казалось бы, нужно всего-то пересечь пару десятков морских миль, сойти у берегов Борнео и вручить ценную посылку менеджеру тамошнего филиала. Но, как известно, не всё творится, что просто говорится. По пути корабль, на котором плывёт Рокуро, захватывают пираты, нанятые русской мафией. Расставшись с посылкой, взамен получив пару болезненных ударов, Рокуро решает, что отделался мелкой монетой. Однако ствол блестящего пистолета, в ту же минуту вновь направленный на него, доходчиво объясняет обратное. Так мягкотелый клерк становится заложником на маленьком пиратском судне под названием «Лагуна». Пока диск с информацией о незаконной деятельности ещё не попал в руки мафии, совет директоров корпорации решает избавиться не только от пиратов, но и от неудавшегося посыльного. Чтобы замести следы, бизнесмены покупают услуги наёмников, которые в ближайшие пару часов становятся серьёзной проблемой для экипажа «Лагуны». Как ни странно, выбраться из передряги им помогает пленный Рокуро, с тех пор «похороненный» в родной стране как безликий служащий и «воскресший» как пират в чужой.

Рокуро Окадзима, нынче известный под именем Рок, некогда был обычным, ничем не примечательным и скованным работой служащим. Но однажды, во время совершения бизнес-поездки, его похитила компания «Лагуна» — предприятие по перевозу грузов и по совместительству банда наёмников-пиратов из Роанапура — города с высоким количеством неразгаданных преступлений. Брошенный своими начальниками, он не видит другого выхода, кроме как присоединиться к «Лагуне». Теперь первейшая для него задача — попытаться удержаться на плаву среди сменяющих друг друга дельцов криминального подполья, одновременно с этим избегая смерти от рук вспыльчивой и повсюду таскающей своё оружие Реви, по прозвищу Двурукая. Второй сезон аниме фокусируется на борьбе японских преступных кланов за всю полноту теневой власти и на том, как в эту борьбу включается третья сила — могущественная преступная группировка из России «Отель Москва».

Роберта, горничная-террористка, впервые появившаяся в первом сезоне «Пиратов „Чёрной Лагуны“», возвращается в новой пятисерийной OVA. Господина Роберты, Диего Сан Фернандо Лавлейса, главу семьи Лавлейс, убивают во время политического митинга. След убийцы приводит Роберту обратно в Роанапур, куда она отправляется, чтобы отомстить. Вслед за Робертой приезжает новый глава семьи — Гарсия Фернандо Лавлейс и её ученица — Фабиола Иглесиас. Возвращение разъярённой Роберты заставляет мобилизоваться ведущие преступные группировки города, одной из которых оказывается и компания «Лагуна». Скоро в конфликт могут вмешаться и другие силы, а это грозит уже обернуться полномасштабной войной...